1、DNA末端分为黏性末端和平末端，都是根据碱基互补配对的方式连接的。
还需要DNA连接酶帮忙。
2、不同的黏性末端原则上无法直接连接，但可将它们转化为平头末端后再进行连接，所产生的重组分子往往会增加或减少几个碱基对，并且破坏了原来的酶切位点，使重组的外源DNA片段无法回收；若连接位点位于基因编码区内，则会破坏阅读框架，使之不能正确表达。
