1、科属不同：金钱龟学名为三线闭壳龟，别名红边龟、红肚龟、断板龟、金头龟等，属于龟鳖目、龟科、淡水龟亚科、闭壳龟属；草龟又名乌龟、金龟、金线龟、墨龟、泥龟、水龟、山龟、臭青龟、长寿龟、八卦龟等属于龟鳖目、龟科、淡水龟亚科、拟水龟属 。
2、形态特征不同：金钱龟的头较细长、头顶部光滑无鳞、腹甲黑色、边缘为黄色、背甲前后缘光滑不呈锯齿状、龟壳可完全闭合；草龟背甲较扁平、有三条纵棱、腹甲棕黄色、吻短、头侧及喉部有暗色镶边的黄纹及黄斑。
