1、将顶头变色的肉苁蓉用开水烫头或切除变色头，然后将肉苁蓉放在干净的水泥地面上或其它非金属器具上晾晒，每天翻动2-3次，防止霉变，晒至完全干（含水量在10%以下）即可收集包装。
2、肉苁蓉易生霉、虫蛀。为害的仓虫主要有药材甲、烟草甲、锯谷盗等。贮藏期间，定期检查，发现受潮、轻度虫蛀，及时拆包摊晾，或用热汽蒸透、摊晾后，重新包装保藏。量大或严重时，可密封抽氧充氮养护或用溴甲烷、磷化铝等熏杀。
