1、达到性成熟后种蜈蚣的雌雄个体从外形上区别很小，只有细心反复观察才能作粗略判断。雌性头部扁圆、呈饼状，雄性头部稍隆、椭圆形。雌性躯体较大，躯干部较宽，腹部肥厚；雄性体型小，躯干部窄，腹部紧缩薄瘦等。在临近繁殖时节，雌蜈蚣活动量少，反应迟钝。而雄蜈蚣活动频繁，动作灵活。
2、鉴别蜈蚣性别最直接而又较准确的方法还是翻看其腹面的生殖孔，看有无生殖肢或几丁质化的阴茎，雌蜈蚣无这两个器官，而雄蜈蚣有一对生殖肢或几丁质化的阴茎（多棘蜈蚣除外）。
